6月3日晚，有网友发出一段视频，内容为雨水顺着台阶往地铁站倒灌、站内一片汪洋的情景。随后，视频拍摄地点被证实为南宁地铁1号线百花岭站。该站内部虽已建好，但地面的出入口还在建设中，是一个在建工地，共有4个出入口。因地势处于低洼处，B、C两个出入口被淹没在黄色的泥水中。

据介绍，事发后，南宁轨道交通集团立即启动《特殊气象及自然灾害专项应急预案》，安排专业技术人员约300人携带抽水泵、沙袋、发电机等防洪物资赶赴百花岭站抢险。为避免站内重要设备因水浸而造成重大损失，现场抢险人员封堵设备区入口，将进入站内的积水通过站台引向轨行区，再通过区间水泵进行排水抢险。同时，立即向有关部门申请支援。

6月4日上午，南宁市消防部门出动了近300名官兵参与抢险，现场多台排水设备同时作业。下午4时许，百花岭站的积水基本消退，进入垃圾清扫阶段。